Nos termos do art. 4.º da Lei Complementar N.º 75/1993, são 3 (três) os princípios institucionais do MPU:
"Art. 4º São princípios institucionais do Ministério Público da União a unidade, a indivisibilidade e a independência funcional."
1 - UNIDADE - A despeito do MPU dividir-se em vários ramos, os seus membros integram um só órgão, todos seus membros agindo individualmente visando ao atendimento das finalidades do Ministério Público como um todo.
2 - INDIVISIBILIDADE - Os membros do Ministério Público podem ser substituídos uns pelos outros sem que haja alteração subjetiva na relação jurídica processual.
3 - INDEPENDÊNCIA FUNCIONAL - Este princípio informa que NÃO há hierarquia funcional entre os membros do Ministério Público.
1) Veja questão sobre este tópico cobrada no concurso anterior: questão 26